一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用简易计税方法计税的，应按照《试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》(国家税务总局公告2016年第18号，以下简称18号公告)第十条规定， 一般纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。第十四条规定，一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应按照《营业税改征增值税试点实施办法》(财税〔2016〕36号文件印发，以下简称《试点实施办法》)第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和11%的适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。第十五条规定，一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用简易计税方法计税的，应按照《试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
第十九条规定，房地产开发企业中的小规模纳税人(以下简称小规模纳税人)采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
第二十二条规定，小规模纳税人销售自行开发的房地产项目，应按照《试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
《营业税改征增值税试点实施办法》(财税〔2016〕36号)第四十五条规定，增值税纳税义务、扣缴义务发生时间为：(一)纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。收讫销售款项，是指纳税人销售服务、无形资产、不动产过程中或者完成后收到款项。取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。……
从上面的政策规定可知，房地产开发企业销售自行开发的房地产项目，增值税无论是适用一般计税方法计税，还是适用简易计税方法计税，凡取得的预收款，均应当首先预缴增值税，然后在纳税义务发生后，再从当期应纳税额中抵减预缴增值税。
但在实际中，房地产开发企业开发房地产项目，只一个一个的房地产项目开发销售(或是一般计税方法项目，或是简易计税方法项目)，即销售完一个房地产项目后再接着开发另一个房地产项目，这种情形的开发方式是比较少见的。普遍存在的是先后或同时开发多个房地产项目，这其中还有一般计税方法计税和简易计税方法计税并存的现象。而每个房地产开发项目一般都会首先采取预收款方式销售，这样就会产生预缴增值税的现象。
对于预缴增值税如何抵减应纳税额的问题，有的房地产开发企业是按开发项目分别处理的，即一个房地产开发项目预缴的增值税，只能在该项目达到纳税义务发生时间时抵减其应纳税额，不能抵减其它房地产项目达到纳税义务发生时间时产生的应纳税额。
持这种处理方法的房地产开发企业依据有两个：
一是18号公告第十四条、第十五条、第二十二条均规定，达到纳税义务发生时间时，计算出的应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。因此就认为，预缴税款必须是该房地产项目达到纳税义务发生时间时，抵减该房地产项目的应纳税额，不能抵减其它房地产项目的应纳税额，也就是应当按项目抵减。
另一是《财政部关于印发〈增值税会计处理规定〉的通知》(财会〔2016〕22号，以下简称22号文件)预缴增值税的账务处理规定，企业预缴增值税时，借记“应交税费——预交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。月末，企业应将“预交增值税”明细科目余额转入“未交增值税”明细科目，借记“应交税费——未交增值税”科目，贷记“应交税费——预交增值税”科目。房地产开发企业等在预缴增值税后，应直至纳税义务发生时方可从“应交税费——预交增值税”科目结转至“应交税费——未交增值税”科目。
其实，持这种处理方法的房地产开发企业过于谨慎。实质上，房地产开发项目预缴的增值税抵减应纳税额，应当是不区分开发项目，不论一般计税方法还是简易计税方法，都可以相互抵减。依据有以下四个方面：
一是从增值税一般计税方法的设计原理分析，增值税是以一个纳税人为纳税主体，对所有经营项目统一进行税款抵扣，统一计算应纳税额，而不是按照项目单独计算。比如，商业企业或生产企业，购进的各种商品或各种原材料其进项税额，在销售所有商品时均可以从销项税额中抵扣。
二是18号公告第十四条、第十五条、第二十二条均规定，房地产项目达到纳税义务发生时间时，按规定计算的当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。这里的“抵减已预缴税款”，既没有明确是指该房地产项目的预缴税款，也没有强调是指达到纳税义务发生时间的该房地产项目的预缴税款，因此，应当包括全部房地产项目的预缴税款。
再者，从法律兼顾合理的角度考虑，当税收政策规定缺失、模糊或者存在冲突的情况下，在有权解释机关尚未作出明确解释之前，在不违背立法意图、法律精神和税法原则的前提下，兼顾合法性和合理性，应当做有利于纳税人的理解、判断和解读。
三是增值税纳税申报表填写说明中也没有规定预缴增值税应当按照开发项目进行抵减。《国家税务总局关于增值税 消费税与附加税费申报表整合有关事项的公告》(国家税务总局公告2021年第20号，以下简称20号公告)附件 2 《增值税及附加税费申报表(一般纳税人适用)》及其附列资料填写说明……六、《增值税及附加税费申报表附列资料(四)》(税额抵减情况表)填写说明(一)税额抵减情况 ……4.本表第 4 行由销售不动产并按规定预缴增值税的纳税人填写，反映其销售不动产预征缴纳税款抵减应纳增值税税额的情况。
20号公告附件4 《增值税及附加税费申报表(小规模纳税人适用)》及其附列资料填写说明………二、《增值税及附加税费申报表(小规模纳税人适用)》填写说明……(二十三)第 21 栏“本期预缴税额”：填写纳税人本期预缴的增值税额，但不包括查补缴纳的增值税额。
从上面的增值税申报表填写说明可知，20号公告对于预缴增值税的抵减是，无论是一般纳税人，还是小规模纳税人均没有规定要按照开发项目进行抵减。
四是至于22号文件规定的“房地产开发企业在预缴增值税后，应直至纳税义务发生时方可从“应交税费——预交增值税”科目结转至“应交税费——未交增值税”科目。”这里的“纳税义务发生时”，也并未指明是指该房地产项目纳税义务发生时。同理，应理解为凡有房地产项目达到纳税义务发生时间的，都可以把用于抵减当期应纳税额的预缴税款，从“应交税费——预交增值税”科目结转至“应交税费——未交增值税”科目。
再者，从另一个角度分析，税法上有一个通用的准则，即税收上的规定如果和会计上规定不一致的，应当按照税收上的规定进行税务处理。
总结起来说，房地产开发企业预缴增值税抵减应纳税额的处理，应当是不区分开发项目、不论计税方法，凡有达到纳税义务发生时间的开发项目产生的应纳税额，均可以抵减其它开发项目已预缴的增值税款。
另外，倘若房地产开发企业还有其它经营业务，比如，销售货物、出租不动产等，对于这类非销售不动产等业务产生的应纳税额，同样也可以抵减销售不动产预缴的增值税。预缴增值税抵减应纳税额，也不区分税目，即收入类型。
